形态
挑取纯培养的单个菌落，作革兰氏染色镜检。蜡样芽胞杆菌为革兰氏阳性芽胞大杆菌，大小为（1～1.3）μm×（3～5）μm，芽胞呈椭圆形位于菌体中央或偏端，不膨大于菌体，菌体两端较平整，多呈短链或长链状排列。
生化鉴定
挑取纯培养的单个菌落，进行酪蛋白分解试验、动力试验、V-P试验、硝酸盐还原试验、糖发酵试验、溶菌酶耐性试验。
根状生长试验
挑取单个可疑菌落划线接种于营养琼脂平板上，30 ℃±1 ℃培养24 h±2 h。蕈状芽胞杆菌形成根状生长的特征。多数蜡样芽胞杆菌菌株形成粗糙的似毛玻璃状或融蜡状的菌落。
溶血试验
挑取纯培养的单个可疑菌落接种于TSSB琼脂平板上，30 ℃±1 ℃培养24 h±2 h。蜡样芽胞杆菌菌落为浅灰色，不透明，似白色毛玻璃状，有草绿色溶血环或完全溶血环。苏云金芽胞杆菌和蕈状芽胞杆菌呈现弱的溶血现象，而多数炭疽芽胞杆菌为不溶血，巨大芽胞杆菌为不溶血。
蛋白质毒素结晶试验
取经30 ℃±1 ℃培养24 h±2 h并于室温放置3 d～4 d的营养琼脂培养物少许于载玻片上，滴加蒸馏水混匀并涂成薄膜。经自然干燥，微火固定后，加甲醇作用30 s后倾去，再通过火焰干燥，于载玻片上滴满0.5％碱性复红，放火焰上加热（微见蒸气，勿使染液沸腾)持续1 min～2 min，移去火焰，再更换染色液再次加温染色30 s，倾去染液用洁净自来水彻底清洗、晾干后镜检。
观察有无游离芽胞（浅红色）和染成深红色的菱形、正方形或其它形状的蛋白结晶体。如发现游离芽胞形成的不丰富，应将培养物置室温2 d～3 d再行检查。放置3d～4d以上的苏云金芽胞杆菌培养物有大量的结晶体，但是只有在芽胞裂解通过上述染色方法才能见到。然而，除非见到芽胞，否则培养物应在室温继续放置几天以重新检查毒素晶体。其它芽胞杆菌不产生蛋白质毒素晶体。
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